آیا ویروس کرونای انگلیسی، افریقای جنوبی و برزیلی را می توان توسط تست های PCR معمولی در آزمایشگاه های کشور تشخیص داد؟

طی چند روز اخیر که چند مورد از واریانت انگلیسی ویروس SARS-CoV-2 در چندین شهر کشور توسط وزارت بهداشت تایید شده، یکی از سوالات اساسی در بین مردم و پزشکان این است که آیا این واریانت و سایر واریانت های جهش یافته از ویروس کرونا، توسط تست های  PCR قابل تشخیص اند یا خیر؟

پاسخ سریع به این سوال این است که “بلی“، هم واریانت کرونای انگلیسی و هم سایر واریانت های بوجود آمده از ویروس عامل COVID-19، در تمام آزمایشگاه هایی که مجوز انجام تست PCR این ویروس را دارند، همچون نوع کلاسیک (نوع ووهان یا چینی) تشخیص داده میشوند.

اما برای فهم بهتر موضوع باید ببینیم تست PCR چگونه انجام میشود؟

سازمان‌های بهداشت جهانی و مرکز کنترل بیماری‌های عفونی، تست پی سی آر (RT-PCR) را به‌عنوان دقیق‌ترین روش تشخیص ویروس کووید19 (COVID-19 – SARS-CoV-2) اعلام کرده است.

در آزمایش PCR کرونا با کمک سوآپ از حلق و یا بینی بیمار نمونه گرفته می‌شود. سپس باید این نمونه ازنظر وجود یا عدم وجود ویروس SARS-CoV-2 موردبررسی قرار گیرد.

ابتدا ژنوم ویروس از نمونه با کمک کیت‌های مخصوص، استخراج میشود. قسمتی از ژنوم ویروس که در انواع واریانت ها مشترک است، با کمک روش PCR تکثیرشده تا قابل‌شناسایی شود.

تفاوت ویروس کرونای انگلیسی با نوع چینی در چیست؟  

ویروس کرونای نوع انگلیسی یا سایر واریانت های نوظهور، عمدتا در نواحی ای از ژن پروتئین اسپایک یا S ویروس دچار جهش شده اند (پروتیین اسپایک، ساختار های میخ مانندی بر روی پوشش ویروس است که به اتصال آن به سلول ها کمک میکند).

نکته‌ی مهم اینست که عمده کیت های داخلی و وارداتی PCR یا بطور دقیق تر (RT-qPCR) ، نواحی دیگری از ماده ژنتیکی ویروس کرونا را شناسایی میکنند که در واریانت های جدید دستخوش تغییرات عمده نشده اند.

در این کیت ها حداقل دو ژن از ویروس بطور همزمان تشخیص داده می شود، که عمدتا یا ژن های N و RdRp (Orf1/b) و یا E و RdRp می باشد.

استفاده از تشخیص بیش از یک ژن ویروسی توسط کیت هایPCR ، دارای مزیت دیگری نیز است و آن این است که اگر به فرض در اثر جهش در یکی از ژن ها، واریانت نوظهور جدیدی به وجود آید که کیت PCR نتواند آن ژن را شناسایی کند، ژن دوم توسط همان کیت شناسایی می شود.

 همچنین از نظر قوانین احتمالات، بسیارغیر محتمل است که یک ویروس در آن واحد به نحوی در هر دو ژن مذکور دچار جهش هایی شود که پرایمر-پروب های واکنش RT-qPCR امکان اتصال به آن نواحی را نداشته باشند و ویروس بوسیله کیت غیر قابل شناسایی گردند.

 از اینرو مردم و پزشکان معالج نباید نگرانی ای بابت عدم تشخیص واریانت های جدید توسط آزمایشگاه های سطح کشور داشته باشند.

اشتباه عدم تشخیص کرونای انگلیسی از کجا شکل گرفت؟

علت این مشکل این است که اگرچه انواع جدید ویروس در آزمایشگاه ها بوسیله روش PCR تشخیص داده می‌شوند، ولی روش های PCR مورد استفاده فقط عنوان میدارند که فرد منفی است یا مثبت و علی رغم توانایی تشخیص ویروس کرونا در بدن یک فرد، نمیتوانند تمایز دهند که این ویروس از نوع کلاسیک است و یا واریانت انگلیسی یا افریقایی یا غیره.

یعنی این آزمایش وجود ویروس کرونا را از هر گونه ای تشخیص میدهد اما بررسی جهش ها و تمایز واریانت های مختلف این ویروس از یکدیگر، نیاز به روش توالی یابی (Sequencing) و به ویژه روش NGS است که روشی بسیار هزینه بر است و دستگاه های آن فقط در چند مرکز کشور وجود دارند.